Muzium Kota Johor Lama adalah muzium yang diletakkan di bawah pentadbiran Jabatan Muzium Malaysia (Wilayah Selatan). Pembinaan muzium ini bermula pada Ogos 2004 dan siap sepenuhnya pada Februari 2007.
Mula dibuka kepada umum pada Oktober 2007, reka bentuk bangunannya bercirikan rumah tradisional.
Muzium ini adalah satu-satunya yang dibangunkan secara ‘insitu’ di suatu kawasan yang pernah melakar sejarah penting dalam perkembangan sejarah negara.
Fungsi utama penubuhannya adalah untuk memberikan maklumat dan gambaran yang lebih jelas kepada pencinta sejarah dan peranan Kota Johor Lama yang pernah menjadi pusat pemerintahan kerajaan Melayu penting selepas era kejatuhan Kesultanan Melaka pada 1511.
Kesinambungan warisan kegemilangan Kerajaan Melayu Melaka terus bertapak di Johor dan mewarnai sejarah tempatan ketika itu terutama di sepanjang Sungai Johor.
Ruang pameran di dalam muzium ini terbahagi kepada beberapa segmen bermula dengan pengenalan Kota Johor Lama sehingga kajian arkeologi yang dijalankan di dalam kawasan kota ini oleh penyelidik tempatan dan luar negara.
Muzium ini dibuka setiap hari kecuali hari pertama Aidilfitri dan Aidiladha bermula jam 9 pagi hingga 6 petang.
